Die Dauerausstellung ist eine interaktive und inszenierte Ausstellung, welche den Besucher einlädt, die realen Verhältnisse in der DDR selbst zu erleben.  Sie ist nicht chronologisch, sondern thematisch gegliedert: 27 Themenmodule skizzieren die DDR: Grenze, Berlin, Verkehr, Jugend, Bildung, Arbeit, Konsum, Staatssicherheit, Bauen, Wohnen, Familie, Medien, Mode, Freizeit, Kultur, Urlaub, Umwelt, Partei, Wirtschaft, Staat, Ideologie, Armee, Bruderstaaten, Mauer, Opposition, Strafvollzug und Obrigkeit.
In jedem Bereich finden sich originale Exponate, die Geschichten über das Leben in der DDR erzählen.

Das Konzept der "Geschichte zum Anfassen" bezieht sich nicht nur auf die Exponate, sondern auch auf die Ausstellungstechnik. Um die didaktischen Möglichkeiten einer Ausstellung ganz auszuschöpfen, setzt das DDR Museum auf interaktive Multimediaanwendungen: futuristische technische Anwendungen wie der Fogscreen, 2D-Animation, ein interaktiver Tisch, diverse (Multi-)Touchscreenanwendungen, Bewegungssensoren, Magnetkontakte und die Knochenschalllautsprecher ergänzen bewährte Ausstellungselemente wie Dioramen und Vitrinen.

Das DDR Museum ergänzt seine Ausstellung durch unterschiedliche pädagogische Angebote: Führungen durch das Museum und Stadtführungen außerhhalb, Workshops, Zeitzeugengespräche und vieles mehr. Führungen und Zusatzangebote werden in 15 unterschiedlichen Sprachen angeboten. Das Besucherzentrum bietet bis zu 50 Personen gleichzeitig die Möglichkeit zu Recherchen, Workshops, Seminaren, Unterrichtsstunden, Diskussionen oder Filmvorführungen.