Mit dem Bau der Berliner Mauer am 13. August 1961 wurde die Stadt geteilt und damit auch das U- und S-Bahnnetz getrennt. Zwei U-Bahn- und eine S-Bahnlinie unterquerten allerdings den Ostsektor, ihre Start- und Zielbahnhöfe lagen in West-Berlin. Die Züge hielten nicht an den Stationen in Ost-Berlin. Die unterirdischen Bahnhöfe waren gesperrt und wurden zu „Geisterbahnhöfen“: Die Züge fuhren langsam durch menschenleere Stationen, die von bewaffneten Posten der DDR bewacht wurden. Ausnahme war der Bahnhof Friedrichstrasse mit seiner Kontrollstelle.

In Ost-Berlin verschwanden die Bahnhöfe der West-Linien weitgehend aus dem Stadtbild. U-und S-Bahn-Schilder wurden abgebaut, Zugänge vermauert. Im Laufe der Jahre entstand ein unterirdisches Sperrsystem. Trotzdem versuchten immer wieder Menschen durch die Bahntunnel zu fliehen, doch nur wenigen gelang die Flucht. Nach dem Mauerfall wurden die unterirdischen Sperren abgebaut und das Verkehrssystem wieder zusammengeführt.

Die Ausstellung im Zwischengeschoß des ehemaligen „Geisterbahnhofs“ Nordbahnhof erläutert diesen Aspekt der Teilungsgeschichte multimedial anhand zahlreicher Fallbeispiele. Teil der Ausstellung, die während der Betriebszeiten der S-Bahn zu sehen ist, sind auch die Markierungen der ehemaligen Sperrmauern des Bahnhofs. Die Ausstellung „Grenz- und Geisterbahnhöfe im geteilten Berlin“ ist der erste Teil der bis 2012 entstehenden Dauerausstellung im Außenbereich der Gedenkstätte Berliner Mauer. Mit der Erweiterung wird die Gedenkstätte zum zentralen Gedenkort zur Erinnerung an die Teilung Deutschlands und die Berliner Mauer ausgebaut.