Den Planungsauftrag für das Kaiser-Friedrich-Museum, das 1956 nach seinem ersten Generaldirektor Wilhelm von Bode in Bode-Museum umbenannt wurde, übergab Kaiser Wilhelm II. an Oberbaurat Ernst von Ihne. Dieser war einer der bekanntesten Vertreter des "Wilhelminischen Barock".

Um das Gebäude in seiner optischen Wirkung wie aus dem Wasser aufsteigen zu lassen, gruppierte der Architekt den dreiflügeligen Bau um mehrere Innenhöfe herum direkt an das Spreeufer.

Im Zweiten Weltkrieg erlitt das Gebäude insbesondere im Bereich der Kuppel große Schäden. Beginnend in den 1950er-Jahren wurde das Haus schrittweise wiederaufgebaut und in Betrieb genommen. Seit 2006 ist das gesamte Bode-Museum mit der Skulpturensammlung, dem Museum für Byzantinische Kunst, dem Münzkabinett und Werken der Gemäldegalerie wieder zugänglich.