Mit der bedingungslosen Kapitulation im großen Saal des Museums, einem ehemaligen Offizierskasino der Wehrmachtspionierschule, endete am 8. Mai 1945 der Zweite Weltkrieg in Europa. Von 1945 bis 1949 diente das Gebäude als Sitz der Sowjetischen Militäradministration in Deutschland. 1967 wurde hier das sowjetische Kapitulationsmuseum eröffnet. Nach den Vereinbarungen über den Abzug der sowjetischen Streitkräfte aus Deutschland beschlossen die Bundesrepublik Deutschland und die Sowjetunion 1990, gemeinsam an diesem Ort ein Museum aufzubauen, das an den Vernichtungskrieg des Deutschen Reiches gegen die Sowjetunion 1941 bis 1945 erinnert. Es wurde 1995 eröffnet.

Seit 2013 dokumentiert die Dauerausstellung den Krieg aus der Sicht der deutschen und der sowjetischen Akteure. Die von der Wehrmacht besetzten Gebiete waren nicht nur das Territorium, auf dem der Mord an den europäischen Juden begann. Zur deutschen Kriegsführung und Besatzungsherrschaft gehörten auch andere Verbrechen wie das Massensterben der sowjetischen Kriegsgefangenen oder der geplante Hungertod von Millionen Zivilisten. Die Ausstellung behandelt auch die bis in die Gegenwart reichenden Folgen des Zweiten Weltkrieges.

Das Museum organisiert zudem Sonderausstellungen, Diskussionen, Filmreihen, wissenschaftliche Tagungen und die jährlichen Veranstaltungen zum 8. Mai.