Das Museum ging aus der Privatsammlung von Werner Philipp hervor, die 1996 der Stadt Berlin übergeben wurde. Als Landesmuseum für Wassersport ist es der Senatsverwaltung für Inneres und Sport unterstellt.

In der Ausstellung mit jährlich wechselnden Schwerpunkten wird die Geschichte des Wassersports zwischen 1835 und heute lebendig: die Anfänge des bürgerlichen Ruder- und Segelsports, die Arbeitersportbewegung, die Geschichte des Frauensports, des Schulsports und der jüdischen Vereine wie auch die Auswirkungen der Wiedervereinigung nach 1990.

Ausgestellt sind Boote für Wassersportarten, die in Grünau ausgeübt wurden, darunter Drachenboot und Kanupolo. Auch Motorboote, Vereinsfahnen, Boots- und Vereinsabzeichen, historische Dokumente und Fotografien sind zu sehen.

Das Museum befindet sich auf dem Regattagelände in Grünau. Die Regattastrecke wurde ab 1880 vom Berliner Regattaverein angelegt und nach und nach um feste Tribünen und Bootshäuser erweitert. Ab 1900 siedelten sich zahlreiche Ruder- und Segelvereine an, deren Bootshäuser heute denkmalgeschützt sind. 1936 wurden in Grünau die Olympischen Spiele im Rudern und Kanu ausgetragen.

Wegen Sanierung der Regatta-Tribüne ist das Grünauer Wassersportmuseum seit 2016 teilweise geschlossen. Das Museum öffnet voraussichtlich 2022 mit einer neuen Dauerausstellung.

Derzeit gibt es im sogenannten Olympiacafé auf dem Regattagelände in Grünau (Haus West) eine Interims-Ausstellung. Sie gibt an Hand ausgewählter Beispiele einen Einblick in die vielfältigen Sammlungen beider Häuser, ist Experimentierfeld für die künftige Dauerausstellung und vermittelt einen Eindruck davon, welche spannenden Geschichten die verschiedenen Zeitzeugnisse über den Ruder-, Kanu- und Segelsport erzählen können. Zu sehen sind ca. 130 Exponate, u.a. Olympia-Silber-Boote von 1936 und 1968, eine Sammlung von Riemen und Skulls von 1890 – 1996, Campingartikel und Ausrüstungen des Wasserwanderns aus den 1920er Jahren, vielfältige Pokale und Preise u.a. der Großen Grünauer Regatta, Zeugnisse der frühen und jüngeren Vereinsgeschichte und viele mehr.