Mit der Eröffnung des Museums für Gegenwart 1996 erhielt die Nationalgalerie einen ständigen Ausstellungsort für die Kunst der Gegenwart, die auf einer Ausstellungsfläche von rund 13 000 Quadratmetern gezeigt wird. Historische Gebäudeteile mit außergewöhnlichen Raumhöhen, moderne Anbauten mit geometrisch klaren Grundrissen und Lichtdecken bieten ideale Voraussetzungen für die Präsentation von moderner Kunst.

Die Bestände setzen sich aus Exponaten der Staatlichen Museen zu Berlin und aus Werken der Berliner Privatsammlung Erich Marx zusammen. Zudem werden seit September 2004 in Sonderausstellungen Höhepunkte der Friedrich Christian Flick Collection gezeigt.

Grundstock der Sammlung Marx bilden Werke von Künstlern wie Andy Warhol, Cy Twombly, Robert Rauschenberg, Roy Lichtenstein, Anselm Kiefer und Joseph Beuys. Darüber hinaus gehören über 450 Zeichnungen von Beuys und nahezu 60 Blätter von Warhol zu den Beständen. Ebenso sind Werkgruppen von Malern der italienischen Transavanguardia und Vertretern der Minimal Art ausgestellt.

Der englische Künstler Richard Long mit seinem „Berlin Circle“ sucht in seinen Arbeiten den direkten Bezug zum Ort. Ebenso ließen sich die Künstler Gerhard Merz und Dan Flavin vom Haus inspirieren.

Das gesamte Erdgeschoß im westlichen Ehrenhofflügel ist Arbeiten von Beuys gewidmet. Bewusst wurde auf eine historisch festgelegte Präsentation der Werke verzichtet und ein offenes, sammlungsübergreifendes Konzept gewählt, das alle von Künstler*innen benutzten Medien einschließt.