Infolge des Edikts von Potsdam, das der Große Kurfürst 1685 erlassen hatte, fanden in den Jahren darauf etwa 20 000 französische Glaubensflüchtlinge in Berlin und der Mark Brandenburg Aufnahme. Ihre Geschichte wird im Hugenottenmuseum anhand von Urkunden, Gemälden, Stichen, Büchern, Handschriften und Medaillen erzählt. Die Dauerausstellung schreibt große Teile der Hugenottengeschichte in Staatswesen, Kunst, Wissenschaft und Familienleben für Berlin und Brandenburg neu.

Träger des Museums, das 1935 im Französischen Dom an Gendarmenmarkt eingerichtet wurde, ist das Konsistorium der Französischen Kirche zu Berlin. Hier ist ein kleines Museum zu einem großen Auftritt gelangt – mit der als ständige Ausstellung eingerichteten komplexen Übersicht zur hugenottischen Geschichte und regelmäßig wechselnden Sonderausstellungen.

Dokumentiert wird auch die Baugeschichte des Doms und der angrenzenden Französischen Friedrichstadtkirche. Diesen schlichten barocken Bau errichteten die Berliner Hugenotten 1705 mit eigenen Geldern und Handwerkern. 1780 ließ Friedrich der Große den repräsentativen Turmbau des Französischen Doms als Pendant zum Deutschen Dom bauen.