Das Neue Museum, zwischen 1843 und 1855 errichtet, gilt als herausragendes Dokument des Museumsbaus im 19. Jahrhundert. Da das Alte Museum schon kurz nach seiner Eröffnung nicht mehr genug Platz bot, erhielt Friedrich August Stüler den Auftrag für den Bau des Museums, das 1859 eröffnet wurde.

Die Innenausstattung der drei Ausstellungsgeschosse, etwa die berühmten Kaulbach-Fresken im Treppenhaus, realisierten die wichtigsten Maler des Berliner Spätklassizismus.
Bombenangriffe in den Jahren 1943 und 1945 beschädigten das Museum stark. Erst 1985 wurde der Wiederaufbau der Kriegsruine mit einer Notsicherung und der Gründungssanierung begonnen.

1997 beauftragte man den britische Architekten David Chipperfield mit der Wiederherstellung. Die verlorenen Raumfolgen und Volumen wurden wiederhergestellt, ohne die historische Vorlage detailgetreu zu imitieren. Die Restaurierung der Fassade und der Innenräume respektiert die geschichtlichen Spuren des Denkmals.

Nach mehr als 60 Jahren sind die Sammlungen des Ägyptischen Museums und des Museums für Vor- und Frühgeschichte an ihrem historisch angestammten Ort wieder vereint.