La Segunda Guerra Mundial en Europa terminó el 8 de mayo de 1945 con la rendición incondicional en la gran sala del museo, un antiguo comedor de oficiales de la Escuela de Pioneros de la Wehrmacht. De 1945 a 1949, el edificio fue la sede de la Administración Militar Soviética en Alemania. En 1967 se inauguró aquí el museo de la rendición soviética. Tras los acuerdos sobre la retirada de las fuerzas soviéticas de Alemania, la República Federal de Alemania y la Unión Soviética decidieron en 1990 construir conjuntamente un museo en este lugar para conmemorar la guerra de exterminio del Reich alemán contra la Unión Soviética de 1941 a 1945. Se inauguró en 1995.

Desde 2013, la exposición permanente documenta la guerra desde la perspectiva de los actores alemanes y soviéticos. Los territorios ocupados por la Wehrmacht no sólo fueron el territorio donde comenzó el asesinato de los judíos europeos. La guerra y la ocupación alemanas también incluyeron otros crímenes, como la muerte masiva de prisioneros de guerra soviéticos o la inanición planificada de millones de civiles. La exposición también aborda las consecuencias de la Segunda Guerra Mundial que llegan hasta el presente.

El museo también organiza exposiciones especiales, debates, ciclos de cine, conferencias académicas y los actos anuales del 8 de mayo.