El Museo de Ciencias Naturales (Museum für Naturkunde Berlin) fue fundado en colaboración con la Universidad Humboldt y está situado en el edificio de Invalidenstraße desde 1889. Con más de 25 millones de objetos de exposición, alberga las colecciones más grandes de Alemania en las disciplina de la zoología, paleontología y mineralogía. Las obras más famosas expuestas son el esqueleto de Brachiosaurus brancai, con más de 13 metros de altura es el esqueleto de dinosaurio más grande expuesto en todo el mundo y el ejemplar berlinés del ave antigua Archaeopteryx.
Al mismo tiempo abrieron las exposiciones permanentes del cosmos y el sistema solar, el origen de la tierra y los mecanismos de evolución con la sala de saurios de nuevo diseño en 2007. Se explica cómo surgen nuevas especies en la "pared de la biodiversidad" con unas 3.000 especies animales preparadas. En la sala original del S. XIX hay 1077 tipos de minerales expuestos, entre ellos hay obras de la colección de Alexander von Humboldt. Además se pueden ver animales autóctonos en grandes dioramas.
Desde 2010 se puede acceder a una colección de investigación en el ala este del edificio: las colecciones zoológicas en alcohol con un millón de objetos, pescados, arañas, cangrejos, anfibios y mamíferos.