El Museo de Prehistoria y Protohistoria (Museum für Vor- und Frühgeschichte) cuenta con una de las colecciones suprarregionales más grandes de arqueología del mundo antiguo. Presenta numerosos objetos desde el Paleolítico hasta la Alta Edad Media en el Neues Museum de la Isla de los Museos. En la planta superior, los visitantes podrán dar una vuelta por la época de piedra, bronce y de hierro donde se manifiestan gráficamente las líneas de desarrollo de la historia temprana europea. La colección de Troya de Heinrich Schliemann, el hallazgo de un Neandertal de Le Moustier y el "sombrero de oro de Berlín" de la época de bronce, además de los numerosos inventarios de tumbas de la época merovingia ponen la guinda al museo.
En las plantas 1 y 2 del Neues Museum se pueden visitar la sala patriótica, las colecciones de Chipre, la arqueología de las provincias romanas y los germanos libres, además de la sala de la época de la migración de los pueblos hasta la Alta Edad Media.