El Museo de los Instrumentos Musicales (Musikinstrumenten-Museum) del Instituto estatal de investigación musical (Staatliche Institut für Musikforschung) colecciona y presenta instrumentos de la música artística europea del S. XVI a la actualidad y pone de manifiesto su sonido en conciertos y visitas guiadas. La colección fundada en 1888 cuenta con casi 3000 instrumentos, de los que se pueden ver unos 800.
La colección de los instrumentos de viento de Naumburg llama la atención por su instrumental casi completo de los flautistas estatales de Alemania Central del 1600. Entre las obras maestras destacan antiguos cémbalos y espinetas, por ejemplo del taller de la familia Rucker y el famoso cémbalo de Bach y sus imitaciones. Además, los visitantes podrán ver instrumentos de cuerda de maestros europeos como Stradivari, Gagliano, Stainer, Krouchdaler, instrumentos de viento-madera de Hotteterre, Denner, Quantz y otros, un cémbalo de viaje de la reina Sofía Carlota de Prusia, flautas traveseras de Federico II, el piano-forte de Carl Maria von Weber, un órgano de una iglesia inglesa del taller de John Gray y el mayor órgano de teatro y cine del continente europeo, el piano "Mighty Wurlitzer" a cuatro manos, que a veces se puede escuchar en conciertos.