La capitulation sans condition dans la grande salle du musée, un ancien mess des officiers de l'école des pionniers de la Wehrmacht, a mis fin à la Seconde Guerre mondiale en Europe le 8 mai 1945. De 1945 à 1949, le bâtiment a servi de siège à l'administration militaire soviétique en Allemagne. En 1967, le musée soviétique de la capitulation y a été ouvert. Après les accords sur le retrait des forces armées soviétiques d'Allemagne, la République fédérale d'Allemagne et l'Union soviétique ont décidé en 1990 de construire ensemble à cet endroit un musée commémorant la guerre d'extermination menée par le Reich allemand contre l'Union soviétique de 1941 à 1945. Il a été inauguré en 1995. 

Depuis 2013, l'exposition permanente documente la guerre du point de vue des acteurs allemands et soviétiques. Les territoires occupés par la Wehrmacht n'étaient pas seulement le territoire sur lequel le meurtre des Juifs européens a commencé. D'autres crimes, comme la mort massive des prisonniers de guerre soviétiques ou la famine planifiée de millions de civils, faisaient également partie de la conduite de la guerre allemande et de la domination de l'occupation. L'exposition traite également des conséquences de la Seconde Guerre mondiale qui se prolongent jusqu'à nos jours.

Le musée organise également des expositions spéciales, des débats, des séries de films, des réunions scientifiques et les manifestations annuelles du 8 mai.