Le Musée d’histoire naturelle (Museum für Naturkunde Berlin) a été  fondé en 1810 en même temps que l’université Humboldt-Universität et se trouve depuis 1889 dans un bâtiment de la rue Invalidenstraße. Avec plus de 25 millions de pièces exposées, c’est la plus grande collection allemande dans le domaine de la zoologie, paléontologie et minéralogie. Les pièces exposées les plus célèbres sont le squelette d’un brachiosaurus brancai, le plus grand squelette de dinosaure au monde avec ses 13 mètres, et l’exemplaire berlinois d’un oiseau préhistorique, l’archaeopteryx.
Parallèlement au réaménagement de la salle des sauriens, une exposition permanente sur le cosmos et le système solaire, et une autre sur l’origine de la terre et les mécanismes de l’évolution, se sont ouvertes en 2007. Le « mur de la biodiversité » montre avec ses 3 000 animaux empaillés la formation des espèces. Dans une salle du XIXème siècle conservée comme à l’origine sont exposés plus de 1 077 minéraux, on y trouve des pièces de la collection de Alexander von Humboldt. Des animaux indigènes sont à voir dans de grands dioramas.
Depuis 2010, l’aile orientale du bâtiment consacrée à la recherche est accessible aux visiteurs du musée : collections zoologiques conservées dans l’alcool avec près d’un million d’objets – poissons, araignées, crabes, amphibiens et mammifères.