Le Museum für Vor- und Frühgeschichte (Musée de Préhistoire et de Protohistoire) possède l'une des plus grandes collections suprarégionales d'archéologie du monde ancien. La collection d'exposition offre un aperçu de l'histoire culturelle depuis l'âge de pierre jusqu'au Moyen-Âge grâce à des découvertes provenant de toute l'Europe et de certaines parties de l'Asie.

La collection met l'accent sur l'histoire ancienne de l'Europe, du paléolithique au Moyen Âge. Les points forts sont, outre la collection de Troie de Heinrich Schliemann, la découverte d'un Néandertalien du Moustier ainsi que le "chapeau d'or berlinois" de l'âge du bronze et les riches inventaires funéraires de l'époque mérovingienne.

Depuis 2009, la collection du musée de pré- et protohistoire est exposée dans le  Neues Museum sur l'île des musées.