Le Pergamonmuseum fut construit entre 1910 et 1930 par Ludwig Hoffmann d’après les plans d’Alfred Messel. À cet endroit entre 1901 et 1909 se trouvait déjà un bâtiment plus petit. On y entreposait alors les découvertes archéologiques importantes des musées berlinois comme la frise de l’Autel de Pergame découverte entre 1878 et 1886. Les mauvaises fondations ont cependant vite conduit à des dégâts dans le bâtiment qui a dû être abattu avant la première Guerre mondiale.

Le nouveau Musée de Pergame, plus vaste, fut conçu sur trois ailes. Il héberge aujourd’hui trois musées : la Antikensammlung avec ses pièces témoignant de l’architecture hellénique et romaine, Vorderasiatisches Museum et Museum für Islamische Kunst. Les impressionnantes reconstructions d’éléments archéologiques – l’Autel de Pergame, la Porte du Marché de Milet et la Porte d’Ischtar avec l’Allée des processions et la façade de Mschatta – ont rendu le musée mondialement connu.

Le musée est depuis 2013 en partie en travaux. La salle de l’Autel de Pergame sera fermée pour rénovation de l’automne 2014 à 2023. Mais l’aile Sud du Musée de Pergame avec la Porte d’Ishtar, l’Allée de la procession et la Porte du Marché de Milet reste ouverte de même que le Museum für Islamische Kunst.