Le musée a été construit entre 1910 et 1930 par Ludwig Hoffmann d'après les plans d'Alfred Messel. Auparavant, de 1901 à 1909, un bâtiment plus petit se trouvait au même endroit. Il abritait initialement les importants objets découverts lors des fouilles des musées de Berlin, tels que les panneaux de la frise de l'autel de Pergame, mis au jour entre 1878 et 1886.

Cependant, des fondations insuffisantes ont endommagé le bâtiment, qui a dû être démoli avant la Première Guerre mondiale. Le nouveau musée de Pergame, plus grand, a été conçu comme un complexe à trois ailes.

Il abrite aujourd'hui trois musées : la collection d'antiquités avec ses témoignages de l'architecture hellénistique et romaine, le musée du Proche-Orient et le musée d'art islamique. Le musée est connu dans le monde entier pour ses imposantes reconstructions d'ensembles architecturaux archéologiques - l'autel de Pergame, la porte du marché de Milet et la porte d'Ishtar avec la voie processionnelle de Babylone et la façade de Mchatta.

Le Pergamonmuseum sera complètement fermé à partir du 23 octobre 2023(Pergamonmuseum. Le panorama reste ouvert.) Jusqu'au 22 octobre 2023 inclus, les horaires d'ouverture seront étendus comme suit : mar/mer/ven/sam/dim de 9 à 19 heures, jeu de 9 à 20 heures.