Les collections du Winckelmann-Institut ont été créées en 1851 par Eduard Gerhard grâce à la Fondation « Archäologische Lehrapparat ». Agrandies d’une volumineuse collection de cabaret et de l’Atelier de moulage de Berlin lors de la nomination de Georg Loeschcke en 1912, les collections purent être visitées à partir 1921 dans le plus grand musée d’université d’archéologique d’Allemagne de l’époque et qui fut constitué lors de l’élargissement du vieux bâtiment principal sur l’avenue Unter den Linden.
Transformé en 1950 et utilisé à d’autres fins jusqu’en 1998, le musée connaît une reconstruction systématique depuis 2000 dans les salles d’exposition du deuxième étage de l’aile occidentale. On peut accéder de nouveau à la salle minoenne / mycénienne contenant des œuvres d’art majeures, originales ou copies, de l’âge de bronze égéen, salle exposant les reproductions du temple de Zeus de l’Olympe et du temple d’apollon de Bassai ainsi que la collection d’antiquités d’origine, surtout des récipients de l’ensemble de l’espace méditerranéen depuis l’âge de pierre polie jusqu’à l’époque romaine. Verres de l’Antiquité, lampes et terres cuites complètent cette collection typique d’une université allemande.