Il Museum für Islamische Kunst (Museo di Arte Islamica) presenta l'arte dei popoli islamici tra l'VIII e il XIX secolo attraverso una mostra permanente situata nell'ala sud del Pergamonmuseum. Quella di Berlino è una delle istituzioni più significative e una delle collezioni più antiche di questo genere, seconda in questo solo al Museo di Arte islamica del Cairo. Le opere provengono da un'area geografica che si estende dalla Spagna all'India, ma il nucleo centrale della collezione proviene dall'Oriente anteriore, compresi Egitto e Iran.

L'arte figurativa è rappresentata in tutte le sue discipline: dall'architettura all'artigianato artistico, fino all'oreficeria e all'arte del libro. Di notevole rilievo sono le decorazioni architettoniche – solo parzialmente recuperate – che per la diversità dei materiali impiegati trasmettono altrettanto diversi impatti spaziali; di particolare interesse sono la facciata in pietra del palazzo di Mschatta, i ritrovamenti di porzioni di muri dei palazzi di Samarra, gli intarsi in legno dipinto della stanza di Aleppo e i rivestimenti in ceramica eseguiti con diverse tecniche per le nicchie di preghiera di Turchia e Iran.

Nell'artigianato artistico si ritrovano quasi tutti i materiali: vasi in ceramica, opere in metallo, oggetti intagliati di legno e osso, vetri, tessuti, tappeti. A partire dalla collezione di arte libraria vengono spesso allestite mostre di miniature e calligrafia arabo-persiana del periodo Moghul.

Il Pergamonmuseo è attualmente completamente chiuso per lavori di ristrutturazione.