Druga wojna światowa w Europie zakończyła się 8 maja 1945 r. bezwarunkową kapitulacją w wielkiej sali muzeum, dawnej mesie oficerskiej Szkoły Pionierów Wehrmachtu. W latach 1945-1949 w budynku mieściła się siedziba Radzieckiej Administracji Wojskowej w Niemczech. W 1967 r. otwarto tu muzeum kapitulacji radzieckiej. Po zawarciu porozumień o wycofaniu wojsk radzieckich z Niemiec Republika Federalna Niemiec i Związek Radziecki postanowiły w 1990 r. wspólnie wybudować w tym miejscu muzeum upamiętniające wojnę eksterminacyjną Rzeszy Niemieckiej ze Związkiem Radzieckim w latach 1941-1945. Została otwarta w 1995 roku.

Od 2013 r. wystawa stała dokumentuje wojnę z perspektywy niemieckich i radzieckich aktorów. Tereny zajęte przez Wehrmacht były nie tylko terenami, na których rozpoczęto mordowanie europejskich Żydów. Niemieckie działania wojenne i okupacyjne obejmowały także inne zbrodnie, takie jak masowa śmierć radzieckich jeńców wojennych czy planowe zagłodzenie milionów cywilów. Wystawa zajmuje się również konsekwencjami II wojny światowej, które sięgają do czasów współczesnych.

Muzeum organizuje także wystawy specjalne, dyskusje, serie filmów, konferencje naukowe oraz doroczne obchody 8 maja.