Doğa Bilimleri Müzesi kapalı

ve 1889 yılından beri Invalidenstraße'deki (Invaliden sokağındaki) binasında bulunmaktadır. Zooloji, paleontoloji ve mineraloji alanlarında Almanya'nın en büyük, 25 milyondan fazla objeyi kapsayan koleksiyonunu barındırmaktadır. Sergilenen en ünlü parçalar arasında Brachiosaurus Brancai'nin 13 metreyi aşan bir yüksekliğe sahip, dünyanın kurulu en büyük dinozor iskeleti ve ilk çağ kuşu Arkeopteriks'in (Archaeopteryx) Berlin'e ait örneği.

Yeni düzenlenen dinozor salonu ile birlikte 2007 yılında evren ve güneş sistemini, dünyanın oluşumunu ve evrim mekanizmalarını konu alan sürekli sergiler açıldı. Yaklaşık 3000 sergilenmek üzere hazırlanmış hayvan türlerine sahip ''Biodiversite Duvarı'' (Biodiversitätswand) ile, yeni türlerin nasıl oluştuğu açıklanmaktadır.

19. yüzyıldan günümüze kadar orijinal hâliyle gelen salonda 1077 mineral türü sergilenmektedir. Aralarında Alexander von Humboldt'a ait koleksiyondan parçalar da bulunmaktadır. Ayrıca büyük diyoramalar içinde bölgede yaşayan hayvanlar tanıtılmaktadır. 2010 yılından beri ziyaretçiler binanın doğu kanadında bir araştırma koleksiyonunu da ziyaret edebilmektedir: Aralarında balıkların, örümceklerin, yengeçlerin, amfibilerin ve memelilerin bulunduğu yaklaşık bir milyon objeden oluşan zoolojik alkol koleksiyonu.